Ein Win32 App beziehungsweise ".intunewin" File für zu erstellen ist ganz einfach.
Der schwierigste Teil eines jeden Pakets ist die Installations Logik selbst. Diese kannst du beispielsweise in einem PowerShell Script oder CMD File abhandeln. Ich persönlich bevorzuge den Weg via PowerShell und nenne die Installationsdate jeweils "install.ps1".
Eine Erklärung zum Aufbau findest du hier: my take on win32 apps - Intune

Hast du deine Routine erstellt gehst du wie folgt vor:

  1. Lade dir das aktuelle Microsoft Win32 Content Prep Tool herunter
  2. Öffne die heruntergeladene "IntuneWinAppUtil.exe"
  3. Gib den Pfad zu deinem Paket an
  4. Gib die Installationsdatei an, bei mir jeweils: install.ps1
  5. Gib den Pfad zur Ablage des .intunewin Files an
  6. Falls an diesem bereits eine Datei mit dem entsprechenden Namen liegt, kannst du es löschen / überschreiben
  7. Bei der Catalog Folder frage wählen wir Nein (N)
  8. Fertig, das war das Erstellen der Win32 App / "intunewin".
Win32 Content Prep Tool

Ist das Paket erstellt, kannst du es im Endpoint Manager / Intune unter «Apps > Windows apps» hinzufügen.
Die Parameter innerhalb der Apps sind dann je nach Applikation unterschiedlich.
Als Installations- und Deinstallations-Befehlt kannst du in den meisten Fällen folgende verwenden:

install command%SystemRoot%\sysnative\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe -windowstyle hidden -executionpolicy bypass -command .\install.ps1
uninstall command%SystemRoot%\sysnative\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe -windowstyle hidden -executionpolicy bypass -command .\uninstall.ps1